Intorno al 1370, sposò una donna, Perenelle, vedova due volte, e nel 1372 fecero davanti a un notaio, un lascito reciproco dei loro beni, che venne più volte rinnovato e che escludeva dall’eredità di Perenelle, sua sorella e i suoi figli. Senza figli, i due coniugi Flamel cominciarono a finanziare opere e costruzioni pie.
Per svuotare le fosse del cimitero degli Innocenti, i borghesi di Parigi furono costruire tutto intorno, tra il XVI e XV secolo, degli ossari, nei quali le ossa esumate venivano sepolte e messe a seccare, in alto, sopra le arcate. Nel 1389, Nicolas Flamel fece costruire e decorare una delle arcate, dal lato della rue de la Lingerie, dove si trovavano le botteghe degli scrittori pubblici. Sull’arcata erano incisi, un uomo nero rappresentante la morte, le iniziali di Nicolas Flamel in lettere gotiche, una poesia ed iscrizioni religiose «scritture per commuovere i devoti» secondo Guillebert de Mets nella sua Descrizione di Parigi (1434). Lo stesso anno, finanziò la riparazione del portale di Saint-Jacques-la-Boucherie, facendovi rappresentare la moglie, in preghiera, ai piedi della Vergine Maria, San Giacomo e San Giovanni.
Perenelle morì nel 1297. Proprio poco prima della sua morte, la famiglia tentò di far annullare l’eredità reciproca tra i due sposi. Ne seguì un processo tra gli eredi della sorella di Perenelle e Nicolas Flamel, il quale vinse. Dopo la morte della sua sposa, continuò a finanziare costruzioni devote, e si impegnò in investimenti immobiliari a Parigi e nei dintorni.
Nel 1402, fece costruire il portale della chiesa Sainte-Geneviève-la-Petite, situata sull’Ilé de la Cité, lungo la rue Neuve-Notre-Dame, sul sito dell’attuale «parvis Notre-Dame – piazza Jean-Paul-II.» Prese il nome di Sainte-Geneviève-des-Ardents a partire dall’inizio del XVI secolo e fu distrutta nel 1747. La sua statua, con un vestito dal lungo cappuccio e con un calamaio, simbolo della sua professione, fu collocata in una nicchia accanto al portale. Nel 1411, finanziò una nuova cappella dell’ospedale Saint-Gervais (di fronte la chiesa Saint-Gervais), e sembra aver contribuito alle riparazioni delle chiese di Saint-Côme e di Saint-Martin-des-Champs.
Nel 1407, fece erigere una tomba per Perenelle, nel cimitero degli Innocenti, su cui fece incidere un epitaffio in versi.
Lo stesso anno, fece costruire una nuova arcata (che attirò l’attenzione degli alchimisti), questa volta al lato dell’ossario di rue Saint Denis, e la fece decorare con sculture. Vi era rappresentata, di nuovo, sua moglie, in preghiera ai piedi di Cristi, san Paolo e San Pietro circondati da angeli, le sue iniziali NF su dei calamai. Sotto, vi era un fregio con cinque bassi rilievi, rappresentati diverse figure religiose convenzionali: un leone alato, degli angeli, una scena di resurrezione, due dragoni in lotta. Al di sopra, ancora, tre pannelli che rappresentavano il Massacro degli Innocenti, che aveva dato il nome al cimitero. L’iconografia di queste sculture è simile a quelle degli altri monumenti funerari del cimitero degli Innocenti. Queste costruzioni e ornamenti erano molto comuni all’epoca: nel 1408, il duca di Berry fece scolpire sul portale della chiesa del cimitero il racconto dei tre morti e dei tre vivi, e nel 1423-1424, fece dipingere il grande affresco della Danza macabra, sulle arcate dell’ossario a sud (lungo la rue de la Ferronnerie)
Nel 1786, durante la completa distruzione del cimitero degli Innocenti, molti disegni furono realizzati da Charles-Louis Bernier (1755-1830), tra cui l’arcata di Flamel.
Sempre nel 1407, Flamel fece costruire diverse case destinate ad accogliere i poveri, e sulle quali si vedeva «una quantità di figure incise nelle pietre con una N e una F gotiche, ad ogni lato.»
La più conosciuta, e la sola che esiste ancora oggi, è la casa di Nicolas Flamel, anche detta «dal gran timpano», rue di Montmorency (oggi al numero 51). Oltre alle iniziali di Flamel, e diverse figure tra cui angeli che suonano, presenta l’iscrizione: «Noi, uomini e donne lavoratori, abitiamo sotto il portico di questa casa che fu fatta nell’anno di grazia del millequattrocento sette, ciascuno con il diritto di dire ogni giorno un padre nostro e un ave Maria, mentre si prega Dio, che la sua grazia perdona i poveri peccatori morte. Amen.»
Flamel possedeva anche un certo numero di case a Parigi e nei villaggi limitrofi, alcune delle quali gli portavano rendita, altre erano abbandonate e in rovina. Grazie al successo della sua attività di copista e librario, e il sostegno di sua mogliere Perenelle, già vedova due volte, questi investimenti immobiliari, effettuati nel contesto della depressione economica della guerra dei Cent’anni hanno probabilmente contribuito alla sua fortuna.